O Plano Escolar Anual da EAFEUSP é um documento que descreve a estrutura da Escola, bem como apresenta o Projeto Político-Pedagógico e as metas da Gestão Escolar para cada ano escolar, tendo caráter complementar em relação ao Regimento Escolar. É elaborado em meados de fevereiro/março, a partir dos planos escolares anteriores, do Regimento Escolar, do planejamento escolar, das reuniões pedagógicas entre professores, orientação pedagógico-educacional e direção. Suas proposições derivam ainda das discussões ocorridas no Conselho de Escola, nos Conselhos e Reuniões de Classe e nos Ciclos de Avaliação, envolvendo toda a Comunidade Escolar.