O Conselho de Escola (CE) é um colegiado constituído por membros de todos os segmentos da comunidade escolar, cuja função é gerir coletivamente a escola. Trata-se da instância máxima de deliberação no interior da Escola de Aplicação e submetida à Congregação FEUSP.

Com suporte na Lei nº 9394/96 que estabelece as Diretrizes e Bases da Educação Nacional, o Regimento da Escola de Aplicação prevê o CE como órgão fundamental de efetivação da gestão democrática.

É um espaço privilegiado de valorização do debate de ideias e vocalização de representantes de toda comunidade escolar (alunos, pais, professores, funcionários, equipe técnico pedagógica e docentes da FEUSP), comprometido com os interesses coletivos de defesa da oferta de educação pública, gratuita e de qualidade no Ensino Básico no interior da Universidade de São Paulo.